Thời điểm lý tưởng nhất để du lịch Đảo Ngọc là từ khoảng tháng 11 đến tháng 4 năm sau. Đây là mùa khô ở phương Nam, trời ít mưa, biển lặng, sóng êm và nắng ấm thích hợp cho các hoạt động du lịch ngoài trời. Mùa này thích hợp cho những tour du lịch nghỉ dưỡng, không thích hợp cho khách đi bụi hoặc đi phượt.
Từ khoảng tháng 5 đến tháng 10 là mùa mưa, đôi khi có bão nhưng Phú Quốc vẫn đông khách do rơi vào khoảng thời gian nghỉ hè. Nếu đi Phú Quốc mùa này, bạn nên đến vào khoảng cuối tháng 4, lúc này khách vẫn chưa đông và thời tiết còn đẹp, giá cả cũng không tăng quá cao như mùa cao điểm. Tháng 10 cũng là thời điểm giao mùa nên ít mưa.